
Nach der Lehre wurde er nicht in ein festes Arbeitsverhältnis übernommen, arbeitete gut zwei Jahre als Schichtarbeiter bei Ford in Köln. Nach seiner Rückkehr nach Freiburg war er erst arbeitslos, fand wieder Arbeit und musste schließlich seinen Beruf als Maschinenschlosser aus gesundheitlichen Gründen aufgeben. Nach einer Umschulung zum Zahntechniker wieder arbeitslos, fühlte sich Berndt wie Hunderttausende von Arbeitslosen zunehmend „in dieser Gesellschaft nicht gebraucht“.
Nachdem sich die Bevölkerung Nicaraguas 1979 unter der Führung der „Frente Sandinista de Libaracion Nacional“ (FSLN) von der Diktatur befreit hatte und am Aufbau eine neuen Gesellschaft arbeitete, ging Berndt 1983 als Mitglied der DKP-Brigade Carlos Fonseca erstmals nach Nicaragua und arbeitete dort einige Monate am Aufbau einer Druckerei. Nachdem 1984 der Freiburger Arzt Albrecht „Tonio“ Pflaum von der rechtsgerichteten, von der USA unterstützten und finanzierten „Contra“ in der nord-nicaraguanischen Stadt Wiwili ermordet worden war, gründete sich in Freiburg ein „Freundeskreis Tonio Pflaum“. In dessen Auftrag ging Berndt Koberstein als Leiter eines Trinkwasserprojekts, das die Kleinstadt Wiwili mit sauberem Wasser versorgen sollte, nach Nicaragua zurück. Nach einigen Monaten sinnvoller und geschätzter Arbeit geriet Berndt Koberstein in einen Hinterhalt der Contra und wurde gemeinsam mit zwei weiteren Aufbauhelfern und drei Nicaraguanern hinterrücks erschossen. Er ist in der Provinzhauptstadt Matagalpa begraben, wo eine Vor- und Grundschule seinen Namen trägt. Auf der Wiwili Brücke („Blaue Brücke“) erinnert eine Gedenktafel an Berndt Koberstein.